Древними орудиями пользовались и в эпоху бронзы, и в последующем. И вообще, чем орудие древнее - тем оно ценнее было для потомков (с магической точки зрения). Так, на славянских городищах иногда находят каменные ножи и топоры (неолитические или эпохи бронзы) - вероятно, они играли какую-то роль пи жертвоприношениях и в языческих обрядах. Поэтому то, что Вы нашли неолит на поселении бронзы - вполне логическое явление. Радуйтесь, ибо этот топор принадлежал какому-нибудь волхву!!
Интереснее обстоит дело с фрагментами керамики